Федэральная нацыянальна-культурная аўтаномія (ФНКА) «Беларусы Расіі» створана 24 красавіка 1999 года ў адпаведнасці з Федэральным законам Расійскай Федэрацыі «Аб нацыянальна-культурнай аўтаноміі». Зарэгістраваная Міністэрствам юстыцыі Расіі 6 жніўня 1999 года. Старшынёй Рады ФНКА «Беларусы Расіі» на гэтым з'ездзе быў абраны Францішак Пятровіч Каўрыга.
2 кастрычніка 2002 года ў Маскве прайшоў II з'езд ФНКА «Беларусы Расіі». У рабоце з'езда прынялі ўдзел каля 500 дэлегатаў і гасцей з большасці рэгіёнаў Расіі - прадстаўнікі рэгіянальных нацыянальна-культурных аўтаномій беларусаў, беларускіх зямляцтваў, беларускіх нацыянальна-культурных цэнтраў і клубаў беларусаў. У ліку гасцей на з'ездзе прысутнічалі Намеснік Прэм'ер-міністра Рэспублікі Беларусь Уладзімір Дражын, Надзвычайны і Паўнамоцны Пасол Рэспублікі Беларусь у Расійскай Федэрацыі Уладзімір Грыгор'еў, Міністры інфармацыі і культуры Беларусі Міхаіл Падгайны і Леанід Гуляка, Міністр па пытаннях нацыянальнай палітыкі Расійскай Федэрацыі Уладзімір Зорын, першы намеснік Міністра замежных спраў Расіі Валеры Лашчынін, прадстаўнікі Адміністрацыі Прэзідэнта Расіі, расійскага Урада і мэрыі Масквы. Старшынёй савета ФНКА «Беларусы Расіі» на гэтым з'ездзе быў зноў абраны Ф.П. Каўрыга.
13 кастрычніка 2007 года ў Маскве прайшоў III з'езд ФНКА «Беларусы Расіі». У ім прынялі ўдзел 95 дэлегатаў грамадскіх арганізацый беларусаў з многіх рэгіёнаў Расійскай Федэрацыі. У рабоце з'езда прынялі ўдзел лётчыкі-касманаўты Уладзімір Кавалёнак і Пётр Клімук. На з'ездзе была афіцыйная дэлегацыя Рэспублікі Беларусь у складзе Упаўнаважанага па справах рэлігій і нацыянальнасцяў Л. Гулякі, намесніка Міністра культуры В. Гедройца, намесніка Міністра інфармацыі А. Слабадчука. Са справаздачай аб праведзенай рабоце за 2002-2007 гг. выступіў Старшыня савета ФНКА Ф. Каўрыга. На з'ездзе быў абраны савет ФНКА ў складзе 55 чалавек. Старшынёй савета быў абраны Ф. Каўрыга, першым намеснікам - старшыня савета НКА «Беларусы Масквы» Сяргей Кандыбовіч.
30 кастрычніка 2009 года ў Маскве прайшла канферэнцыя грамадскіх арганізацый беларусаў Расіі «Беларусы Расіі: Гісторыя. Культура. Асобы».
23 красавіка 2010 года ў Падмаскоўі адбыўся IV з'езд ФНКА «Беларусы Расіі». У рабоце з’езда прынялі ўдзел звыш 100 дэлегатаў ад рэгіянальных і мясцовых нацыянальна-культурных аўтаномій беларусаў Расіі з 48 рэгіёнаў краіны. На IV з'ездзе ФНКА «Беларусы Расіі» старшынёй Савета Аўтаноміі быў абраны Валеры Мікалаевіч Казакоў.
Улічваючы важнасць актыўнага ўдзелу суайчыннікаў у прасоўванні беларуска-расійскіх інтарэсаў, забеспячэнні роўнасці правоў грамадзян, фарміраванні Саюзнай дзяржавы, 26 кастрычніка 2012 года ў Маскве, пры ўдзеле ФНКА «Беларусы Расіі», прайшло каардынацыйная нарада грамадскіх арганізацый беларусаў, што дзейнічаюць на тэрыторыі Расіі.
У 2013 годзе на пазачарговым V з'ездзе Федэральнай нацыянальна-культурнай аўтаноміі «Беларусы Расіі» ў Статут аўтаноміі былі ўнесены змены, аўтаномія стала называцца Грамадская арганізацыя Федэральная нацыянальна-культурная аўтаномія Беларусаў Расіі.
22 мая 2015 года у Маскоўскім доме нацыянальнасцяў адбыўся VI з'езд грамадскай арганізацыі Федэральная нацыянальна-культурная аўтаномія Беларусаў Расіі. У рабоце прынялі ўдзел дэлегаты ад дваццаці дзевяці нацыянальна-культурных аўтаномій-членаў ФНКА. Старшынёй ФНКА Беларусаў Расіі з'езд выбраў Сяргея Львовіча Кандыбовіча.
